神経科学関連の公開データベースまとめ
ここでは脳神経系で公開されているデータベースとその利用法をまとめていきたいと思います(工事中)．
ALLEN BRAIN MAP
ALLEN脳科学研究所の提供するデータベース
Digital Reconstruction of Neocortical Microcircuitry, Blue Brain Project, EPFL
juvenile Rat (幼若ラット，生後13-16日？)の体性感覚野のmicrocircuitを再構成したデータと，再構成に使用した実験データを公開している．
関連論文
1. Markram H†, Muller E†, Ramaswamy S†, Reimann MW†, Abdellah M, Sanchez CA, Ailamaki A, Alonso-Nanclares L, Antille N, Arsever S et al. (2015). Reconstruction and Simulation of Neocortical Microcircuitry. Cell 163:2, 456 – 492. doi: 10.1016/j.cell.2015.09.029
2. Ramaswamy S†, Courcol J-D†, Abdellah M, Adaszewski SR, Antille N, Arsever S, Atenekeng G, Bilgili A, Brukau Y, Chalimourda A, Chindemi G, Delalondre F, Dumusc R, Eilemann S, Gevaert ME, Gleeson P, Graham JW, Hernando JB, Kanari L, Katkov Y, Keller D, King JG, Ranjan R, Reimann MW, Rössert C, Shi Y, Shillcock JC, Telefont M, Van Geit W, Villafranca Diaz J, Walker R, Wang Y, Zaninetta SM, DeFelipe J, Hill SL, Muller J, Segev I, Schürmann F, Muller EB and Markram H (2015). The Neocortical Microcircuit Collaboration Portal: A Resource for Rat Somatosensory Cortex. Front. Neural Circuits 9:44. doi: 10.3389/fncir.2015.00044
3. Reimann MW, King JG, Muller EB, Ramaswamy S and Markram H (2015). An Algorithm to Predict the Connectome of Neural Microcircuits. Front. Comput Neurosci. 9:28. doi: 10.3389/fncom.2015.00120
NeuroMorpho.Org
神経細胞の3次元形態データベース
関連論文
1. Akram MA, Nanda S, Maraver P, Armañanzas R, Ascoli GA (2018) An open repository for single-cell reconstructions of the brain forest. Sci Data. 5:180006. doi: 10.1038/sdata.2018.6